Analyses RNAseq d'échantillons de poissons

Type de prestations

• Réalisation du séquençage haut débit (RNAseq) à partir d'ARN extraits d'organes ou de globules blancs de poissons.
• Possibilité de modalités de préparation des bibliothèques mentionnées (par ex. poly-A ou ribodéplétion selon typologie des échantillons).

Caractéristiques techniques des échantillons et contrôles

• Quantité minimale d'ARN exigée : 300 ng, mesurée par fluorimétrie et spectrométrie.
• Mesure de l'intégrité (RiN/RIN) effectuée sur un panel représentatif d'extraits.
• Contrôles qualité (QC) et rapports associés fournis pour chaque lot incluant métriques de profondeur et de qualité de séquençage.

Logistique, traçabilité et stockage

• Réception d'échantillons transmis par transporteur spécialisé sous conditionnement réfrigéré.
• Stockage des échantillons à -20 °C minimum pendant au moins six mois après réception (possibilité de proposer stockage plus long).
• Stockage des données brutes de séquençage (fichiers fastq.gz) au moins six mois après leur mise à disposition.
• Exigence de traçabilité : identifiants d'échantillons reflétés dans les noms de fichiers fastq.gz ; enregistrement des manipulations et démarches d'assurance qualité.

Livrables et communication

• Mise à disposition des données de séquençage au laboratoire destinataire (transfert de données) et envoi d'un accusé de réception du lot.
• Notification préalable à l'autorité contractante en cas de difficulté technique, pénurie de consommables ou fermeture (prévenir 1 mois avant toute fermeture programmée) ; possibilité d'annulation en cas de non-respect des délais contractuels.
• Documentation des méthodes, procédures de traçabilité et possibilité de contrôle des habilitations techniques et des traitements appliqués.