Services de transcriptomique spatiale in situ

Le titulaire réalise une prestation complète de transcriptomique spatiale in situ sur coupes tissulaires, de la prise en charge technique des échantillons jusqu’à la livraison et l’analyse primaire des données. La méthode doit préserver la position native des transcrits, permettre leur attribution à des cellules individuelles et associer les résultats à la morphologie tissulaire.

Les échantillons sont fournis par le laboratoire sur lame. La prestation doit être compatible avec des tissus humains, notamment des échantillons fixés et inclus en paraffine (FFPE), ainsi qu’avec des tissus congelés. Le prestataire prend en charge les contrôles qualité du run, la préparation, la mesure spatiale in situ, l’acquisition et le traitement primaire. Il fournit des recommandations d’envoi et de conditionnement, prend en charge l’expédition et renvoie les lames au laboratoire après traitement.

Volumétrie et campagnes

Le marché comprend trois campagnes expérimentales échelonnées :

• Tranche ferme : 30 échantillons sur 3 lames
• Tranche optionnelle n°1 : 24 échantillons sur 3 lames
• Tranche optionnelle n°2 : 12 échantillons sur 1 lame

La volumétrie totale est de 66 échantillons sur 7 lames. La technologie doit permettre de positionner et d’analyser simultanément plusieurs échantillons, jusqu’à une dizaine sur une même lame, sur une large surface imageable. Les tranches optionnelles ne sont exécutées qu’après décision expresse d’affermissement de l’acheteur.

Performances techniques minimales

La mesure doit être non ciblée, réalisée par chimie de détection par sondes compatible avec les transcrits fragmentés ou dégradés et ne dépendant pas d’une capture par queue poly-A. Elle doit couvrir au moins 18 000 gènes codants humains en une seule expérience, directement sur la coupe, sans dissociation cellulaire ni homogénéisation préalable.

Les performances attendues comprennent :

• Résolution subcellulaire inférieure à 30 nm dans le plan XY et 150 nm en Z
• Sensibilité équivalente au single-cell, avec large gamme dynamique
• Rapport signal/bruit d’environ 450:1 et bruit de fond inférieur à 0,1 %
• Segmentation et restitution des contours cellulaires
• Surface imageable d’au moins 500 mm², soit 5 cm², par lame
• Traitement simultané d’au moins 3 lames par run
• Compatibilité avec des lames de microscopie en verre standard
• Analyse d’une surface de 15 cm² dans un temps d’acquisition de l’ordre d’une semaine par run

La mesure doit être compatible avec une coloration histologique H&E sur la même coupe, le co-alignement des images d’expression et des images morphologiques, ainsi qu’une analyse protéomique spatiale post-run. Le traitement des échantillons doit être non destructif.

Données, analyse et livrables

Les données doivent être fournies dans des formats ouverts ou de type ouvert : matrices cellule-caractéristiques de type AnnData, transcrits et frontières de segmentation de type Zarr, et images tissulaires de type OME-TIFF. Une analyse primaire automatisée ou embarquée est fournie à l’issue du run, sans développement bio-informatique préalable requis du laboratoire.

Le prestataire fournit gratuitement le téléchargement des données depuis son cloud et une plateforme autonome de visualisation et d’analyse sans ligne de commande. Cette plateforme est accessible sans frais pendant au moins 3 mois.

Pour chaque tranche, les livrables comprennent :

• Rapport de contrôle qualité du run
• Données brutes d’imagerie et d’expression dans les formats ouverts prévus
• Images morphologiques H&E co-alignées
• Rapport d’analyse primaire avec métriques de qualité, nombre de cellules, nombre de transcrits par cellule et taux de détection
• Documentation technique et méthodologique

Les données sont disponibles au téléchargement pendant au moins 3 mois, le laboratoire en conserve la propriété intégrale et les lames lui sont retournées à la fin des analyses.