Séquençage et préparation d’échantillons biologiques

La prestation comprend l’extraction d’ADN, la préparation de bibliothèques, le contrôle qualité et le séquençage de sang et de sperme de gobemouches. Les données doivent contribuer à l’assemblage des génomes des 40 chromosomes pour une femelle de chacune de trois espèces, à la construction de paysages de recombinaison méiotique à partir de sperme et à la détection de SNV et SV phasés dans des échantillons de sang.

Prestations et technologies

• ONT – sang : extraction d’ADN de haut poids moléculaire avec le kit Circulomics Nanobind, préparation de bibliothèque long read et séquençage sur PromethION. Exigence de 2 cellules à flux par échantillon, visant au minimum 40 Gb de molécules d’ADN de 75 à 150 kb par échantillon, pour l’assemblage de génomes aviaires, chromosomes dot compris.
• PacBio HiFi – sperme : extraction d’ADN de haut poids moléculaire adaptée au sperme, préparation de bibliothèque long read et séquençage sur Revio à 90X. Une cellule SMRT par échantillon, visant au minimum 90 Gb de bases HiFi uniques par échantillon. La prestation décrit une extraction à partir de 10 µL de sperme congelé à −80 °C ; les caractéristiques des échantillons indiquent 2 µL par tube PCR de 200 µL, ultra-congelés à −80 °C avec solution EDTA, et certains sans solution.
• PacBio HiFi – sang : extraction de haut poids moléculaire avec le kit Circulomics Nanobind, préparation de bibliothèque long read et séquençage sur Revio à 30X. Trois échantillons par cellule SMRT, visant au minimum 30 Gb de bases HiFi uniques par échantillon.
• Illumina – sang : extraction sans technologie imposée, préparation de bibliothèque Nextera et séquençage paired-end 150 pb sur NovaSeq X Plus à 30X, visant au minimum 30 Gb de lectures appariées par échantillon.

Les sangs destinés aux prestations ONT et PacBio sont décrits à 30 µL, prélevés en capillaires héparinés et congelés à −80 °C dans des tubes PCR de 200 µL avec solution EDTA. Pour Illumina, le sang est décrit à 30 µL, congelé à −20 °C dans des tubes PCR de 500 µL avec éthanol.

Commandes et livrables
Les bons de commande portent sur 61 à 93 échantillons au total. Le DQE du cadre financier indique, à titre non contractuel, 3 prestations ONT, 10 PacBio sperme, 20 PacBio sang et 60 Illumina.

Les livrables sont les fichiers bruts FASTQ et les rapports de contrôle qualité : FASTQC pour Illumina, rapport CCS pour PacBio HiFi et rapport pour ONT. Le transport des échantillons est organisé et pris en charge par le laboratoire ; le prestataire confirme leur bonne réception sous 24 heures et convient avec le destinataire d’une date et d’une heure précises de livraison. Un interlocuteur technique dédié assure le suivi de la réception des échantillons jusqu’à la livraison des résultats.