Réactifs NGS et solution automatisée d’analyse

Le marché fournit les réactifs et consommables nécessaires à la préparation de librairies NGS, met à disposition l’automate et comprend l’analyse bio-informatique locale des résultats de séquençage. L’activité annuelle est estimée à 2 100 analyses DNAseq et 910 analyses RNAseq ; le cadre de réponse prévoit une activité hebdomadaire de 39 à 56 DNAseq FFPE et de 17 à 32 recherches de réarrangements géniques ou transcrits de fusion sur FFPE.

Préparation des librairies

Un ou plusieurs kits doivent couvrir les cibles définies pour les échantillons FFPE : variants nucléotidiques, petits indels, variations du nombre de copies, instabilité microsatellitaire, réarrangements/transcrits de fusion et sauts d’exon. Une prestation supplémentaire facultative peut porter sur des acides nucléiques circulants : SNV, petits indels, réarrangements/transcrits de fusion et MSI.

La préparation doit être compatible avec du matériel génétique dégradé (ADN, ARN ou TNA FFPE, ce dernier étant privilégié) et permettre, si plusieurs librairies sont nécessaires, leur regroupement pour le séquençage. Le kit doit être compatible avec les séquenceurs Illumina MiSeq et NextSeq 550. L’automate prend en charge les étapes de préparation avant séquençage, hors contrôles qualité éventuels, avec une intervention humaine réduite au minimum. Le conditionnement des réactifs doit convenir à l’automatisation et à une procédure manuelle dégradée en cas de panne.

Performances attendues après validation : sensibilité d’au moins 99,5 % pour les variants à une VAF d’au moins 5 % lorsque la cellularité tumorale est de 10 à 25 %, 8 % lorsqu’elle est de 25 à 50 %, et 16 % au-delà de 50 % de cellularité tumorale. La spécificité doit être maximisée tout en garantissant cet objectif de sensibilité ; des critères qualité et de réanalyse doivent permettre d’assurer une spécificité de 100 % pour les variants d’intérêt théranostique. Le fournisseur contribue à la validation de ces performances avec le laboratoire.

Les designs doivent permettre la recherche des variations attendues sur FFPE ; les librairies multiples doivent pouvoir être poolées. En cas de régions insuffisamment couvertes, un nouveau design est attendu sans frais supplémentaires. Les livrables de design demandés comprennent le pourcentage de cibles couvertes, les fichiers .bed des régions couvertes sur 150 pb et des primers/sondes, la taille des couvertures en nombre de bases et l’évaluation des pourcentages on-target et off-target.

Analyse bio-informatique locale

Le titulaire fournit des pipelines préconfigurés, immédiatement opérationnels et exécutés localement, sans externalisation des données. Ils doivent permettre l’alignement sur le génome de référence GRCh38 (hg38) ou une version supérieure de préférence, l’appel, le filtrage et l’annotation des variants, ainsi que l’analyse des SNV, petits indels, fusions, sauts d’exon, CNV et MSI.

Les rapports doivent présenter les résultats par patient et des métriques de qualité par run et par échantillon, notamment l’analyse de couverture des régions d’intérêt. Les variants suivent la nomenclature HGVS ; les données sont structurées pour être extraites et reprises dans le SIL sans retraitement manuel préalable. Les fichiers BAM ou VCF doivent pouvoir être récupérés par le laboratoire. La solution peut également proposer une interconnexion directe avec le SIL et une base interrogeable des variants, exportable pour sauvegarde.

Déploiement, accompagnement et maintien en service

L’exécution débute par une validation de méthode avec les réactifs et consommables nécessaires. En cas d’échec, le pouvoir adjudicateur peut résilier le marché aux torts exclusifs du titulaire. Le fournisseur assure l’installation et la qualification de l’équipement, la formation initiale des utilisateurs et une nouvelle formation sans frais en cas de modification majeure. Il accompagne aussi le laboratoire dans la mise en place du système qualité en vue de l’accréditation EN ISO 15189 et facilite l’accès aux références bibliographiques des performances analytiques et techniques.

La mise à disposition comprend les équipements annexes indispensables, leur installation et qualification, les adaptations nécessaires de l’environnement d’exploitation, ainsi que les opérations de migration des connexions vers le nouveau SIL. Le fournisseur assure la maintenance préventive et curative, les pièces, la main-d’œuvre, les déplacements et l’assistance téléphonique ; un prêt de matériel est prévu en cas d’immobilisation prolongée. Pour une panne nécessitant une intervention curative, le délai est de 8 heures après la demande, ou au plus tard le lendemain matin si elle intervient après 14 h. Un rapport détaillé est remis après chaque intervention.

Le titulaire fournit une étude sur le nombre d’équipements nécessaire à l’activité estimée et une proposition d’évolution en cas d’augmentation de l’activité. Il accompagne le transfert de l’équipement vers le nouvel hôpital : préparation au déplacement, identification des risques, réinstallation et qualification ; le transport peut être assuré par le titulaire ou par le déménageur retenu, selon les modalités prévues au marché.

Commandes, livraison et contrôles

Les commandes sont passées au fur et à mesure des besoins. Les réactifs et consommables sont livrés sous 10 jours calendaires au plus après accusé de réception du bon de commande. Les panels suivent le délai annoncé par le titulaire selon qu’il s’agit d’une nouvelle synthèse ou d’un réapprovisionnement. Les livraisons sont franco de port et d’emballage, carboglace comprise ; les colis doivent préserver la température recommandée jusqu’au laboratoire, le quai ne disposant pas de stockage réfrigéré ou congelé. Un colis par laboratoire destinataire doit porter lisiblement son nom/UF et le numéro de commande, avec un bordereau détaillé apposé à l’extérieur. Les vérifications quantitatives et qualitatives sont réalisées par le responsable du laboratoire ; les produits endommagés, manquants ou non conformes sont remplacés ou repris aux frais et risques du titulaire. Les lots de production réservés peuvent faire l’objet d’un nouveau test en cours de marché.