Matériels et réactifs de quantification de l’ADN humain

L’accord-cadre porte sur des appareils de PCR quantitative en temps réel (Q-PCR), leurs logiciels de pilotage, les réactifs et consommables associés, ainsi que l’installation, la qualification, la maintenance et la formation. Le matériel peut être neuf ou reconditionné. Le volume indicatif est de 350 000 quantifications par an, sans engagement contractuel.

Appareils, logiciels et déploiement

Les appareils doivent permettre, à partir d’un même échantillon, la quantification de l’ADN humain total et masculin, l’estimation de la dégradation et le contrôle des inhibiteurs de PCR par contrôle interne (IPC). L’analyse doit pouvoir être réalisée simultanément sur 96 échantillons en plaque de 96 puits, avec interfaçage LIMS pour importer les plans de plaques et exporter les résultats.

Caractéristiques attendues : 6 canaux optiques découplés, 21 combinaisons de filtres, LED blanche, détection multiplexée jusqu’à 6 cibles par puits, 6 zones thermiques indépendantes à effet Peltier, écran tactile affichant les courbes d’amplification en temps réel et mémoire de 2 000 à 5 000 runs. Les plaques sont au format 96 puits, 0,1 ou 0,2 ml. Le matériel doit détecter des différences d’expression dès 1,5 fois, être calibré en usine et présenter un format indiqué de 27 × 50 × 40 cm. La conformité 21 CFR Part 11 et les certifications SWGDAM et de validation pour l’usage HID sont attendues.

Le parc de référence compte 11 équipements Q-PCR et 16 licences de pilotage. Un bon de commande portant immédiatement sur 11 équipements peut être émis après notification ; le délai de livraison prévu pour ce bon est de 15 jours après sa réception. La livraison et l’installation sont sans surcoût. Elles comprennent au minimum la qualification d’installation et la vérification des spécifications de chaque appareil ; les procédures, enregistrements et résultats des tests de qualification opérationnelle sont remis et établis avec les personnels du laboratoire. Le logiciel doit permettre de visualiser des résultats antérieurs à la méthode mise en place.

Les logiciels sont compatibles avec Windows 11 version 25H2. Les stations de pilotage et de retraitement comprennent notamment un processeur récent équivalent à un Intel Core Ultra 5 ou 7 de 2e ou 3e génération, 16 ou 32 Go de RAM DDR5/DDR6, un disque système d’au moins 1 To, un écran d’au moins 24 pouces en 1920 × 1080 et une carte réseau distincte pour l’instrument. La maintenance des stations est prévue sur site à J+1, pièces et main-d’œuvre, avec rétention des disques durs. Les logiciels doivent s’intégrer au réseau du SNPS, fonctionner sans accès distant ni connexion à des serveurs extérieurs et permettre l’activation hors ligne des licences. Les licences, composants logiciels et médias d’installation sont fournis ; les imports et exports utilisent des formats ouverts. Pour une architecture client/serveur, les technologies, protocoles et ports sont détaillés, et la compatibilité avec VMware ESXi et Proxmox VE est requise.

Réactifs et consommables

Les kits sont validés pour l’identification humaine et doivent satisfaire à ISO 18385:2016 ou équivalent, permettre la PCR en temps réel et la quantification jusqu’à une limite de détection de l’ordre de 1 × 10⁻³ ng/µl, détecter les inhibiteurs et renseigner sur la dégradation. Les sondes couvrent les chromosomes autosomiques (petits et grands) et le chromosome Y. La variabilité acceptable du Ct pour l’ADN cible et l’IPC ne dépasse pas 0,4 Ct. Les kits comprennent les éléments nécessaires à la réaction et sont accompagnés d’un manuel en français ou, à défaut, en anglais.

Les références proposées sont exemptes d’ADN contaminant interférant, d’endonucléases et d’exonucléases ; les consommables sont certifiés Human DNA free, DNase free, RNase free et PCR inhibitor free. Les consommables comprennent notamment les plaques 96 puits et leurs films adhésifs. Le conditionnement de plus de 500 réactions est prévu ; d’autres conditionnements peuvent être proposés au titre de la prestation supplémentaire éventuelle facultative. Les fiches de données de sécurité sont fournies et leurs modifications signalées. Les produits périssables et ceux soumis à des conditions particulières sont accompagnés des indications de conservation, notamment température, hygrométrie et pression. Les livraisons comprennent les attestations et tests de libération des lots, un certificat de traçabilité précisant le numéro de lot, le visa de libération et l’entité ayant réalisé les contrôles ; chaque livraison contient des kits d’un même lot. Toute modification technique des produits est signalée, avec un protocole de validation au SNPS en cas de modification majeure.

Les commandes peuvent être regroupées et échelonnées selon le calendrier convenu avec chaque laboratoire. Les livraisons express quotidiennes ou non programmées restent exceptionnelles, réservées aux pannes nécessitant des pièces de maintenance ou aux risques avérés de rupture de réactifs critiques.

Maintenance et formation

Trois niveaux sont proposés : niveau basique avec au moins une maintenance préventive annuelle ; niveau intermédiaire avec au moins une préventive et une curative annuelles (prestation supplémentaire éventuelle facultative) ; niveau « full options » avec préventives annuelles et curatives illimitées. Les forfaits comprennent l’assistance téléphonique et les mises à jour mineures des logiciels et firmwares. Le niveau « full options » inclut également pièces détachées, déplacements, main-d’œuvre et mises à niveau logicielles. Le SNPS n’autorise pas l’accès à distance aux ordinateurs de pilotage.

Les maintenances préventives ont lieu dans les locaux du SNPS, les jours ouvrés entre 9 h et 17 h, selon une date convenue. Elles donnent lieu à un rapport précisant notamment les versions logicielles et firmware, les opérations, les pièces remplacées et les tests prouvant l’état opérationnel de l’équipement ; ce rapport est remis sous un mois calendaire. Les interventions curatives sont déclenchées par signalement du bénéficiaire. En niveau « full options », pour une panne bloquante, les plafonds sont de 6 h pour la prise en charge, 48 h pour le diagnostic, 10 jours pour la réparation, 72 h après diagnostic pour une solution palliative si la réparation n’est pas disponible, et 45 jours après diagnostic pour la réparation définitive et la restitution sur site. Pour une panne mineure, ils sont respectivement de 48 h, 5 jours et 20 jours pour la prise en charge, le diagnostic et la réparation. Les délais annoncés par le titulaire s’appliquent s’ils sont plus courts. Les pièces détachées sont livrées dans un délai optimal d’une semaine. L’assistance téléphonique est en français, accessible par un numéro non surtaxé ; une application ou un autre canal de signalement peut être proposé.

Une formation de deux jours sur site, par matériel fourni hors logiciel, porte sur son utilisation et sa maintenance. Les postes de formation prévoient entre 5 et 8 personnes. Les formations complémentaires sur le logiciel ou l’exploitation des résultats sont organisées avec le laboratoire selon ses besoins. Les formations se déroulent en français, avec supports transmis à l’avance ; les attestations sont remises dans les 15 jours suivant la formation. Un bilan annuel synthétique retrace notamment les interventions, leur volume financier par site, les matériels acquis, les difficultés rencontrées et les solutions apportées.