Système de chromatographie nano et microdébit couplable à la spectrométrie de masse

Fourniture d’un système de chromatographie liquide de nouvelle génération adapté aux nano- et microdébits, destiné à séparer des mélanges complexes de peptides et à être couplé directement au spectromètre Orbitrap haute résolution existant. Le spectromètre de masse lui-même n’est pas fourni par le marché.

Le système doit permettre des débits de phase mobile de 0,001 à 100 µL/min et fonctionner jusqu’à 1 500 bar, notamment avec différents types de colonnes C18. Il comprend un injecteur automatique à vials, réfrigéré, à température régulée, capable d’injections jusqu’à 0,2 µL ; la précision d’injection doit être indiquée dans l’offre. La température de colonne doit être contrôlable.

Le titulaire décrit le couplage avec la source nano-electrospray et l’Orbitrap existant, ainsi que les accessoires, interfaces ou adaptations nécessaires, et garantit la compatibilité fonctionnelle et technique de l’ensemble. Le pilotage nanoLC-MS/MS doit s’effectuer depuis le logiciel d’acquisition, avec les réglages chromatographiques et MS dans une interface commune. Le logiciel doit s’intégrer aux méthodes, séquences et pipelines existants, fonctionner sur le poste Windows 10 Enterprise LTSC et être compatible à terme avec Windows 11 ; les prérequis matériels et logiciels sont à préciser.

Performances et contrôles

Le système doit limiter le carry-over, dont la valeur et la procédure d’estimation sont à préciser, et documenter la reproductibilité des gradients et des temps de rétention ainsi que les moyens d’accroître la productivité. L’objectif de renouvellement est une amélioration de la robustesse, de la sensibilité et du débit analytique, avec un gain attendu de l’ordre de 20 % sur les temps de cycle sans dégradation de la qualité des identifications et quantifications. Le contexte d’utilisation est d’environ 1 500 injections par an, en fonctionnement proche de 24 h/24, 5 à 6 jours par semaine ; le temps de run actuel est d’environ 150 minutes.

Après démonstration de conformité, mise au point et validation des méthodes avec le titulaire, les essais de méthode sont effectués par l’acquéreur, en l’absence du titulaire, avec de nouveaux échantillons de contrôle qualité. La vérification de méthode dure un mois et porte notamment sur une série d’environ 40 injections consécutives d’un digest protéique complexe de référence, de type lysat cellulaire humain HeLa, à environ 250 ng de peptides par injection. Les essais se font en phase inverse C18, avec un gradient long de référence de l’ordre de 120 à 150 minutes, une injection adaptée à la préconcentration (trap-and-elute ou équivalent) et des séquences longues. Ils évaluent la stabilité des identifications protéiques et peptidiques, la reproductibilité des temps de rétention, la stabilité du couplage en acquisition continue et la robustesse de l’injection et de la séparation. À titre indicatif, le système existant identifie plus de 3 000 protéines en DDA, avec environ 2 peptides par protéine ; le système proposé doit démontrer une performance équivalente ou supérieure dans des conditions comparables. Le titulaire assure une assistance technique et applicative durant les essais, sur site ou à distance.

Mise en œuvre, formation et documentation

L’installation et la mise en service sont à réaliser dans les 10 semaines suivant la livraison. La formation, après mise en service, concerne 2 à 3 utilisateurs ainsi que le personnel chargé de la maintenance ; l’offre en détaille le déroulement et la durée. La documentation comprend une notice détaillée, si possible en français, les certificats de conformité CE et un manuel de formation. Une licence de site permanente multiutilisateurs, dans sa dernière version, est prévue pour les logiciels de traitement des données.

Garantie et service après-vente

La garantie commerciale de 2 ans, pièces et main-d’œuvre selon l’offre, est incluse dans le prix et couvre les logiciels, leurs mises à jour et évolutions. Le SAV comprend au minimum les mises à jour et changements de version des logiciels de pilotage et de traitement des données, ainsi qu’un support technique gratuit et illimité les jours ouvrés, par téléphone non surtaxé et par courriel, avec un délai de réponse inférieur à 24 heures. L’intervention sur site en cas de panne doit intervenir dans un délai maximal de 2 jours ouvrés (48 heures) à compter de l’enregistrement de la demande ; en cas d’impossibilité majeure, un délai supplémentaire ne dépassant pas 2 jours peut être annoncé. Le délai de remise en état est fixé par INRAE après consultation du titulaire. Les pièces détachées et consommables captifs doivent rester disponibles pendant au moins 10 ans à compter de l’admission. L’offre détaille les moyens de continuité de service et les opérations de maintenance prévues.