Robot de préparation et miniaturisation de librairies NGS

La plateforme doit couvrir les préparations standards, purifications, réplicats, normalisations et distributions répétitives, avec une architecture à canaux indépendants, multicanaux ou équivalente. Elle doit gérer des séries de 1 à 96 échantillons et des volumes microlitriques, voire nanovolumiques lorsque cela est pertinent.

• Prises partielles, distributions sélectives et adressage de puits pour les séries inférieures à 96 échantillons
• Configuration possible avec 8 canaux indépendants, une tête 96 canaux et/ou une distribution sans contact en nanovolumes
• Description attendue des plages de volumes, configurations et incidences sur le temps de cycle
• Plateau et périphériques permettant de traiter jusqu’à 96 échantillons avec un minimum d’interventions manuelles

Performance et maîtrise des consommables

La solution doit démontrer une précision et une exactitude adaptées aux protocoles NGS et aux volumes manipulés. Elle doit permettre la miniaturisation des étapes à forte valeur en réactifs, notamment par pipetage basse volumétrie ou dépôt sans contact en nanovolumes. Le candidat doit détailler les coûts des cônes, plaques, réservoirs, consommables dédiés et consommables spécifiques aux modules proposés.

Les consommables jetables doivent être adaptés aux applications NGS, avec des cônes à filtre lorsque nécessaire. Les aiguilles lavables ne sont pas souhaitées pour les étapes critiques, sauf justification documentée de la maîtrise du risque de contamination et de la compatibilité avec les exigences du laboratoire. La prise et l’éjection des cônes doivent limiter les aérosols, projections et déformations. Une détection de liquide ou une méthode équivalente doit sécuriser les aspirations, distributions et contrôles de présence de liquide. Toute réutilisation de cônes doit être paramétrable, tracée et limitée aux étapes compatibles.

Automatisation, périphériques et protocoles

La solution doit automatiser tout ou partie majoritaire des étapes de préparation, notamment le déplacement des plaques, consommables ou supports par gripper intégré ou dispositif équivalent. Un thermocycleur intégré, embarqué ou accessible automatiquement peut être proposé pour les incubations et amplifications ; ses capacités, interfaces logicielles et limites d’utilisation doivent être précisées. Les réactifs sensibles doivent pouvoir être maintenus à température contrôlée, notamment à 4 °C ou dans une plage appropriée à leur stabilité.

La plateforme doit être ouverte aux différents kits et fournisseurs du marché et permettre l’adaptation ou le développement de protocoles. Les workflows d’intérêt comprennent notamment Twist Bioscience Library Preparation EF 2.0, NEBNext Ultra II DNA Library Prep, PacBio Whole Genome and Metagenome, ainsi que la normalisation de librairies et les workflows associés. Le candidat indique les kits déjà installés, les références applicatives et les modalités d’accompagnement au développement ou au transfert de méthodes.

Logiciel, traçabilité et mise en service

L’environnement logiciel doit permettre la programmation, la création, l’édition, la validation, la documentation et l’exécution des méthodes, ainsi que la gestion des plans de plaques, le suivi des lots, la génération de rapports et l’export des informations utiles au laboratoire. La solution doit favoriser la reproductibilité et la sécurisation des workflows par la gestion des versions, des droits utilisateurs ou un mécanisme équivalent. Les intégrations avec périphériques tiers, distributeurs nanovolumiques, thermocycleurs, modules de refroidissement et systèmes d’information du laboratoire doivent être précisées.

Le titulaire assure la livraison jusqu’aux locaux, le raccordement aux attentes, la mise en route, la fourniture en français des manuels d’entretien et d’exploitation, ainsi que du rapport d’installation visé par INRAE. L’installation et la mise en service sont prévues dans les 15 jours maximum suivant la livraison selon les modalités d’exécution ; une autre clause prévoit un délai d’un mois. La vérification est réalisée par le laboratoire en présence du titulaire et porte sur les spécifications fournisseurs. Une formation à la prise en main, à la maintenance et à la modification des méthodes est prévue pour 3 agents INRAE dans les 15 jours suivant la livraison.

Garantie et maintenance optionnelle

Le support technique et les ingénieurs de maintenance doivent pouvoir s’exprimer en français. La garantie couvre les pièces, la main-d’œuvre et les déplacements. La tranche optionnelle de maintenance comprend au minimum un support à distance, une intervention sur site dans un court délai, la gratuité des pièces et du déplacement en cas de panne, ainsi qu’une maintenance préventive annuelle.