Développement d’outils Galaxy pour le système Terre

Le marché porte sur le développement, l’intégration, la mise à jour et la validation d’outils scientifiques sur les plateformes Galaxy et Galaxy-Ecology, sous forme d’outils Galaxy interactifs ou classiques. Les développements doivent respecter les principes FAIR et d’atomisation/généralisation, avec une interface et un code rédigés en anglais. Les sources doivent être livrées sous licence MIT.

Lot 1 — Médias-GxIT

Le titulaire intègre les applications VIAME et BIIGLE dans Galaxy Ecology Europe sous forme de Galaxy Interactive Tools. Chaque application doit être déployable dans un conteneur Docker unique compatible avec Galaxy, via un wrapper XML.

VIAME doit prendre en charge les fichiers images et vidéos issus de l’historique Galaxy, dans les formats supportés par l’application, ainsi que les paramètres d’analyse, métadonnées et fichiers de configuration. L’outil doit restituer dans l’historique Galaxy les fichiers d’annotations, résultats d’analyse et fichiers dérivés, et permettre autant que possible de reconstituer une session à partir des fichiers exportés. L’authentification doit être supprimée, remplacée par un accès universel ou adaptée au fonctionnement par instance utilisateur.

BIIGLE doit prendre en charge les images, vidéos, paramètres, métadonnées et fichiers de configuration nécessaires, y compris les modules pertinents. Il doit exporter les annotations, rapports, résultats d’analyse et fichiers dérivés vers l’historique Galaxy et permettre autant que possible la reconstruction d’une session antérieure.

Pour VIAME et BIIGLE, les livrables comprennent notamment :

• Dockerfile, image Docker et éléments de déploiement ;
• wrapper XML Galaxy, scripts et code source complet ;
• tests unitaires, jeux de données d’exemple et documentation technique et utilisateur ;
• éléments nécessaires à l’installation, au déploiement et aux tests sur une instance Galaxy.

Les tests doivent vérifier le lancement, la prise en compte des entrées Galaxy et la production des sorties dans l’historique Galaxy. Une validation scientifique doit comparer les résultats obtenus dans Galaxy avec ceux produits par l’application utilisée directement.

Lot 2 — Métadonnées

Le lot comprend une solution de conversion automatisée entre les standards EML, ISO19115, DCAT, GEODCAT et GEODCAT-GaiaData. Les fichiers sources et cibles peuvent être en XML, JSON, JSON-LD ou RDFa selon le standard. Les métadonnées doivent être extraites vers des modèles tabulés lisibles et modifiables par l’humain et la machine, puis reconstruites dans un format et un standard cibles.

Les scripts doivent permettre :

• l’extraction de métadonnées depuis des fichiers XML, JSON, JSON-LD ou RDFa ;
• la structuration dans des modèles TSV ;
• la génération d’un ou plusieurs fichiers de métadonnées depuis des modèles ;
• le traitement de fichiers en lot lorsque nécessaire ;
• la validation de l’exactitude et de la conformité des conversions, sans perte d’information.

L’outil Galaxy doit proposer le choix du sens de conversion, du standard et du format cible, avec des paramètres non obligatoires préremplis par défaut. Il doit produire des modèles TSV ou des fichiers de métadonnées dans les formats prévus. Les dépendances doivent être disponibles dans Conda ou faire l’objet de recettes Conda. Le développement doit respecter la structure Galaxy, comprenant fichier XML, script d’exécution et fichier .shed.yml, avec validation par planemo lint et planemo test.

Le même lot comprend l’intégration d’EasyData dans Galaxy. L’outil doit interroger l’entrepôt via son API, rechercher des jeux de données par mots-clés, thématiques ou identifiants et permettre des filtres spatiaux et temporels. La sortie doit être un fichier tabulé contenant au minimum le nom du jeu de données et son lien de téléchargement direct, avec d’autres métadonnées si disponibles. L’outil doit être développé en Python, avec gestion Conda des dépendances, wrapper XML, fichier .shed.yml, documentation, tests unitaires et tests Galaxy automatisés.

Les livrables du lot comprennent les codes sources, scripts, wrappers, fichiers de test, jeux de données d’exemple, recettes ou dépendances nécessaires et documentations techniques et utilisateur.

Lot 3 — Mise à jour et outils interactifs

Le titulaire met à jour Wallace, application R Shiny de modélisation de niches et de distributions d’espèces, afin de rétablir son fonctionnement dans Galaxy-Ecology Europe. Il doit mettre à jour le conteneur Docker, gérer les dépendances, adapter le wrapper XML, ajouter les options d’import depuis l’historique Galaxy et d’export vers celui-ci, et enregistrer automatiquement les fichiers générés à la fermeture de l’outil. Les fonctionnalités premières de Wallace doivent être conservées.

Le titulaire intègre également un ou plusieurs outils interactifs JupyterLab Gaïa Data. L’environnement doit inclure les kernels et dépendances spécifiques Gaïa Data, tout en conservant les paramètres et le fonctionnement global de l’outil JupyterLab déjà disponible dans Galaxy. L’utilisateur doit pouvoir sélectionner des données d’entrée, visualiser, modifier et exécuter un notebook, produire des résultats et récupérer les fichiers de sortie dans l’historique Galaxy.

Un mode batch est également requis pour exécuter un notebook .ipynb sans ouverture de JupyterLab, avec sélection du notebook et des données, utilisation des kernels appropriés et collecte automatique des fichiers produits dans l’historique Galaxy.

Les livrables comprennent les wrappers XML, scripts, images Docker et Dockerfiles, fichiers de tests, jeux de données et notebooks d’exemple, ainsi que les documentations technique et utilisateur. Les tests doivent vérifier le lancement, les entrées Galaxy et les sorties dans l’historique Galaxy. Une validation scientifique doit comparer les résultats intégrés avec ceux obtenus hors Galaxy.

Exigences transversales

Les conteneurs doivent être reproductibles, documentés, compatibles avec l’infrastructure Galaxy et inclure leurs dépendances. Les composants obsolètes ou non maintenus doivent être évités ; les correctifs de sécurité doivent être suivis et les vulnérabilités signalées. Le titulaire doit fournir les codes sources, composants logiciels et régimes juridiques utilisés, maintenir une équipe compétente et assurer la continuité des prestations, y compris le remplacement et le transfert de connaissances en cas de changement de personnel.

Chaque livrable est soumis à validation et les vérifications d’aptitude portent sur les fonctionnalités, la qualité, la sécurité, la documentation et la conformité aux spécifications. Les anomalies sont classées comme bloquantes, gênantes ou mineures et doivent être corrigées par le titulaire sans frais additionnels.