Collecte et analyses biologiques SaMarOya

Le titulaire fournit une prestation de laboratoire pour les échantillons biologiques du pilote et de l’enquête principale SaMarOya : collecte au point désigné, contrôle et traçabilité, enregistrement, réalisation des analyses immédiates, gestion des prélèvements différés et transmission des résultats. Les échantillons sont pseudonymisés par identifiant SaMarOya. Le périmètre comprend au maximum 100 participants au pilote et 3 000 à l’enquête principale, sans engagement sur les nombres effectivement reçus ou analysés.

Analyses immédiates. Le dosage du plomb sanguin concerne les participants de tous âges. Pour les personnes de 15 ans et plus, le pilote comprend aussi l’hémoglobine glyquée, la créatininémie avec calcul du DFG selon CK-EPI, le bilan lipidique (cholestérol total, HDL, LDL calculé selon Friedewald, triglycérides à jeun) et l’albuminurie. L’enquête principale ajoute la ferritinémie, les sérologies syphilis, VIH avec confirmation, VHB et VHC avec confirmation, ainsi que la recherche urinaire de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae. L’HbA1c est réalisée par méthode séparative, chromatographie ou électrophorèse capillaire. Les analyses hors métaux lourds doivent répondre aux exigences de la NF EN ISO 15189 en vigueur.

Échantillons, collecte et approvisionnement. Les prélèvements sont effectués au domicile par les IDE. Les urines sont transférées en conditions d’hygiène rigoureuses vers les tubes dédiés : biochimie urinaire et, pour l’enquête principale, PCR urinaire. Les échantillons sont identifiés par code-barres SaMarOya et accompagnés de demandes d’analyses et de fiches de traçabilité. Les sachets sont vérifiés, scellés et suivis quotidiennement. Le circuit logistique des CDPS doit acheminer les prélèvements jusqu’au point de collecte en 3 jours ouvrables au maximum après leur prise en charge ; avec les 2 jours précédant cette prise en charge, le délai total prévu est de 5 jours ouvrables.

Le titulaire fournit les récipients et consommables nécessaires, conformes aux normes en vigueur, et en assure l’approvisionnement continu sans rupture. Les plafonds indiqués comprennent une marge pour les échecs de prélèvement : au pilote, jusqu’à 55 canules de transfert d’urine, 55 pots urinaires stériles de 150 ml, 110 corps de prélèvement, 55 dispositifs à ailettes 21G, 60 dispositifs 23G, 55 tubes de biochimie urinaire, 55 tubes EDTA K2 de 4 ml et 55 tubes SSTii de 5 ml. Pour l’enquête principale, les quantités maximales correspondantes sont de 2 200 canules, 2 200 pots, 2 200 dispositifs 21G, 1 200 dispositifs 23G, 2 100 kits PCR urinaires, 2 100 tubes de biochimie urinaire, 2 200 tubes EDTA K2 de 4 ml et 4 200 tubes SSTii de 5 ml. Les tubes EDTA éléments traces destinés au plomb sont fournis par Santé publique France, pas par le titulaire.

Exigences pour le dosage du plomb. Le laboratoire décrit ses méthodes, procédures de préparation, validations et mesures de prévention de la contamination, y compris la décontamination du matériel. Les échantillons de sang total sont conservés à −20 °C ; la décongélation souhaitée se fait lentement au réfrigérateur à +4 °C, puis les flacons sont homogénéisés au vortex. Le délai entre préparation et quantification ne dépasse pas une semaine. Le calcul d’incertitude suit la NF T 90210, ou une méthode alternative pour une méthode récemment développée, sur au moins 6 points et en fidélité intermédiaire, pour des niveaux bas, moyen et élevé. La LOQ est établie sur 10 mesures répétées dans la matrice ; sa définition exige notamment un écart-type relatif du signal brut (n = 5) ≤ 20 %, un rapport signal/bruit ≥ 10 et un signal ≥ 5 fois celui du blanc. Les limites souhaitées à titre indicatif sont une LOD de 1,7 μg/L et une LOQ de 5 μg/L. Le laboratoire communique également l’incertitude (k = 2), la valeur maximale quantifiable et le seuil de carry-over.

L’étalonnage complet en matrice sanguine est réalisé au moins tous les 100 échantillons sur 5 ou 6 niveaux ; R² doit être supérieur à 0,95 en cas de modèle linéaire. Les matériaux de référence doivent être adaptés aux concentrations attendues. Les blancs de matrice sanguine sont dosés au moins tous les 20 échantillons et doivent être non quantifiables. Les contrôles qualité internes couvrent 3 niveaux et sont dosés au moins tous les 20 échantillons ; les cartes Excel et les règles de Westgard 22S, 13S et 10X sont requises. Tout redosage en cas de résultat insatisfaisant nécessite l’accord écrit préalable de Santé publique France.

Cheveux, conservation et livrables. Les mèches destinées au dosage différé du mercure sont collectées, identifiées et conservées à température ambiante, à l’abri de la lumière, pendant au moins 7 mois et jusqu’à 2 ans. Leur conditionnement est décrit comme une mèche d’au plus 0,5 cm de diamètre dans le tableau des prélèvements ; la procédure opératoire indique 0,5 mm. Le titulaire prépare leur transfert au laboratoire de dosage différé (LDD), mais le transport est assuré par un transporteur mandaté par Santé publique France. Le prélèvement de biothèque est hors périmètre et ne doit pas être collecté par le titulaire.

Le laboratoire produit les bases de résultats, les PDF individuels, les fichiers pseudonymisés et les éléments de contrôle et de traçabilité. Les bases et PDF sont transmis de façon sécurisée ; une base complète est envoyée chaque semaine à la coordination des CDPS. Pour le plomb, les livrables comprennent notamment les résultats, dates de réception, préparation et quantification, concentrations en μg/L, statut du dosage, données d’étalonnage, blancs et contrôles internes, ainsi qu’un rapport final complet et une réunion de présentation. Les résultats du mercure, dosés par le LDD, sont retransmis nominativement par le titulaire aux médecins concernés ou aux CDPS. Les échantillons de plomb non vides sont conservés 3 mois après validation de l’ensemble des dosages par Santé publique France ; leur destruction à l’issue de ce délai requiert son accord. Toute destruction avant dosage est déclenchée sur demande de Santé publique France à la suite du retrait d’un participant, et donne lieu à un accusé de destruction.