Analyses génétiques et bioinformatique d'ADNe

Bio-informatique et production de données

• Contrôle qualité des séquences, filtrage, clustering/identification d'ASV/OTU et production de tables de séquences.
• Assignation taxonomique via bases de référence et production d'indicateurs qualité.
• Fourniture du détail de la pipeline (paramètres, étapes) et documentation des traitements.

Livrables attendus (dématérialisés)

• Fichiers de séquençage (FASTQ et/ou FASTA) pour l'ensemble des analyses de metabarcoding.
• Tables de données (ASV/espèces) avec comptages et assignations taxonomiques.
• Rapport d'analyse détaillé (liste des espèces identifiées, nombre de séquences par ASV/espèce, indicateurs qualité).
• Rapport qPCR (détection et quantification) et documentation des méthodes.

Organisation, équipements et bonnes pratiques

• Infrastructures adaptées à la manipulation d'ADNe et maîtrise des risques de contamination (flux unidirectionnel, zones séparées pour préparation réactifs, extraction, pré-PCR, amplification et post-PCR).
• Salles contrôlées / hotte à flux laminaire, postes protégés, équipements d'extraction d'ADN, thermocycleurs/qPCR, systèmes de quantification et plate-forme de préparation de librairies.
• Équipements de protection individuelle appropriés et procédures de traçabilité et documentation des manipulations.

Exigences de performance

• Garantir fiabilité, reproductibilité et exploitabilité scientifique des résultats par protocoles validés, répétitions et contrôles qualité.
• Toute solution technique proposée doit atteindre ou démontrer des performances équivalentes aux exigences ci-dessus.