Acquisition d’un appareil de transcriptomique spatiale in situ par imagerie

Fourniture d’un dispositif de transcriptomique spatiale in situ par imagerie pour analyser des coupes de tissus et détecter simultanément de centaines à plusieurs milliers de transcrits à l’échelle unicellulaire, en conservant leur localisation spatiale. Le système doit aussi permettre l’identification de séquences virales ou bactériennes, ainsi que de TCR et BCR.

Panels, échantillons et capacités d’analyse

L’équipement doit quantifier les ARN avec des sondes spécifiques, proposer des panels commerciaux prêts à l’emploi, permettre la conception et l’utilisation de sondes custom et intégrer un assay WTA couvrant au moins 18 000 gènes. Les panels peuvent notamment concerner l’immunologie, la cancérologie, les neurosciences et les maladies infectieuses.

Les caractéristiques attendues comprennent :

• capacité d’ajouter au moins 500 gènes custom à un panel;
• surface analysable d’au moins 200 mm², avec une capacité idéale d’au moins 500 mm²;
• compatibilité avec des tissus FFPE, congelés ou frais et avec les principaux modes de conservation, dont PFA, NBF et OFA;
• utilisation de lames standards de microscopie, notamment Superfrost et Superfrost+;
• possibilité de partir d’une coupe standard H&E, sans clearing ni préparation préalable du tissu;
• réalisation d’analyses complémentaires en amont ou en aval sur la lame initiale, notamment H&E et IF;
• détection de séquences virales ou bactériennes, de TCR, BCR, gènes rapporteurs, fusions de gènes, SNV/indels, événements d’épissage alternatif et populations d’ARN spécifiques;
• analyse indicative de 20 surfaces de 1 cm² sur quinze jours pour un panel de 500 gènes.

Sensibilité, résolution et segmentation

Le système doit visualiser des structures subcellulaires et des tissus complexes, segmenter les cellules et quantifier les ARN avec leur information de localisation spatiale. L’offre précisera la méthode de segmentation, les supports utilisés, les outils intégrés ou externes et les modalités d’intégration des résultats.

Les performances idéales comprennent une précision de localisation inférieure à 50 nm sur l’axe XY et à 200 nm sur l’axe Z, plus de 4 000 gènes détectés par cellule dans des tissus appropriés et une corrélation supérieure à 0,75 avec des technologies de référence telles que single-cell RNA-seq ou bulk RNA-seq.

Utilisation, données et logiciels

Le candidat doit préciser les temps de mise au point, de préparation des lames et d’acquisition depuis la coupe du bloc jusqu’aux données, ainsi que la durée de validité des kits et les équipements auxiliaires nécessaires.

L’équipement doit fournir la volumétrie des données générées, stocker au moins 10 lames et permettre l’analyse et l’interprétation des données. La compatibilité avec des outils externes est requise; la compatibilité avec des outils standards de bioanalyse, notamment Seurat et Squidpy, est souhaitée. La solution logicielle, son modèle de licence, ses fonctionnalités et son fonctionnement cloud ou autonome doivent être détaillés.

Livraison, installation et admission

La livraison et l’installation sont incluses dans l’offre de base et réalisées dans les locaux du laboratoire. Le matériel est destiné au premier ou au deuxième étage; un monte-charge est disponible. L’installation et la mise en ordre de marche doivent être réalisées dans un délai maximal de 10 jours ouvrés après la livraison.

La livraison, l’installation et la mise en ordre de marche sont constatées contradictoirement. La formation initiale fait également l’objet d’une constatation contradictoire. L’admission est prononcée après vérifications quantitatives et qualitatives positives; les produits défectueux ou non conformes sont remplacés aux frais du titulaire.

Formation, documentation et assistance

Une formation initiale sur site est prévue pour 6 personnes et doit intervenir dans les 20 jours ouvrés suivant la mise en ordre de marche. Elle porte sur l’utilisation, la prise en main, les bonnes pratiques et l’entretien de premier niveau; les réactifs nécessaires sont fournis sous forme de starter kit.

Une formation avancée facultative destinée aux mêmes 6 personnes peut porter sur l’exploitation, l’analyse et l’interprétation des données. Elle est réalisée dans les 6 mois suivant l’admission et comprend également un starter kit si elle est retenue.

Une documentation électronique, en français et/ou en anglais, doit être remise au plus tard à la livraison. Elle couvre l’utilisation, le fonctionnement et l’entretien courant du matériel; les rectificatifs et mises à jour sont fournis pendant la garantie légale.

Garantie, SAV et maintenance optionnelle

La garantie légale couvre au minimum un an à compter de l’admission, les pièces défectueuses, la main-d’œuvre, les déplacements, les frais de séjour, le transport et, le cas échéant, les retours en usine. Elle inclut une assistance téléphonique, une visite préventive et une ou plusieurs visites curatives.

Le support doit préciser ses délais de prise en charge, ses interlocuteurs francophones et/ou anglophones, ses capacités d’intervention sur site, ses pièces détachées et ses possibilités d’assistance téléphonique ou de télémaintenance. Une première réponse sous 48 heures est souhaitée.

Les extensions de garantie et les maintenances préventive ou préventive et corrective sont facultatives, par périodes de 1 à 4 ans. La maintenance préventive comprend au minimum une visite annuelle; les interventions sont consignées dans un carnet d’entretien et aucune intervention ou aucun changement de pièce ne peut être réalisé sans information préalable du responsable.