Suivi de la qualité des cours d’eau et monitoring piscicole

La mission réunit deux volets : des campagnes de suivi de la qualité globale des eaux et un inventaire piscicole assorti d’analyses des populations. Les prélèvements, mesures et interprétations doivent s’appuyer sur les protocoles réglementaires applicables, les méthodes DCE/SEEE et les normes en vigueur. Les analyses sont confiées à un laboratoire agréé par le ministère chargé de l’environnement.

Qualité globale des eaux

Le programme porte sur 28 stations physico-chimiques, 20 stations hydrobiologiques (I2M2 et IBD), 7 stations bactériologiques et 21 stations pour les campagnes pesticides. Le CCTP précise aussi que le suivi des pesticides dans leur ensemble portera sur 10 stations ; ces deux indications sont conservées telles qu’énoncées. Deux stations sont suivies par l’Agence de l’Eau, dont les données sont à récupérer auprès de ce partenaire.

Les fréquences annuelles prévues sont de quatre campagnes physico-chimiques, associées à une mesure de débit, deux campagnes bactériologiques, une campagne hydrobiologique, quatre campagnes pesticides entre avril et octobre et deux campagnes Salmonelles. Les campagnes bactériologiques et Salmonelles sont associées aux prélèvements physico-chimiques des périodes d’étiage estival et hivernal ; la campagne hydrobiologique est prévue à l’étiage estival. Le calendrier doit limiter les déplacements et les campagnes pesticides doivent être réalisées en partie après un épisode pluvieux entraînant le lessivage des sols.

Les mesures physico-chimiques comprennent notamment :

| Paramètre | Unité | Limite de quantification |
|---|---:|---:|
| DBO5 à 20 °C | mg/l O₂ | 1 |
| Carbone organique dissous (COD) | mg/l C | 1 |
| MEST | mg/l | 2 |
| Azote ammoniacal | mg/l NH₄ | 0,1 |
| Azote Kjeldahl | mg/l N | 1 |
| Nitrites | mg/l NO₂ | 0,01 |
| Nitrates | mg/l NO₃ | 1 |
| Orthophosphates | mg/l PO₄ | 0,05 |
| Phosphore total | mg/l P | 0,02 |
| Dureté | °f | 0,5 |

Le COD, l’azote ammoniacal, les nitrites, les nitrates, les orthophosphates et la dureté sont mesurés sur eau filtrée ; les autres analyses sont effectuées sur eau brute sauf indication contraire. Les mesures in situ comprennent température de l’eau (°C), taux de saturation en O₂ (%, limite 1), oxygène dissous (mg/l O₂, limite 0,1), pH et conductivité (µS/cm).

Les analyses bactériologiques portent sur E. coli et les entérocoques fécaux, par méthode des microplaques, avec une limite de quantification de 20 N/100 ml ; des dilutions peuvent être nécessaires. Les Salmonelles font l’objet d’une détermination de présence/absence et d’un dénombrement. L’analyse des pesticides doit couvrir largement les molécules portées à connaissance, selon une méthode proposée et détaillée dans l’offre ; les polluants spécifiques synthétiques de l’état écologique sont intégrés à ces campagnes. Les polluants spécifiques non synthétiques ne sont pas analysés dans ce marché.

L’hydrobiologie comprend le prélèvement et l’analyse IBGN (DCE), selon les normes citées au CCTP, et l’IBD en parallèle. Les déterminations IBGN sont réalisées par station à partir de 12 échantillons regroupés ; les fiches de terrain décrivent notamment la granulométrie, la vitesse et la localisation des prélèvements. Le prestataire calcule l’I2M2 aux 20 stations et le compare à l’IBGN. Il caractérise aussi les débits, en indiquant les débits observés ainsi que le module et le QMNA5 des stations hydrométriques de référence.

Les prélèvements sont effectués depuis un pont ou au milieu du cours d’eau, avec du matériel adapté, à une profondeur aussi proche que possible de 30 cm. Pour les campagnes d’étiage, le débit doit, dans la mesure du possible, être stabilisé depuis deux jours et proche de 2,5 fois le QMNA5. Pour l’IBGN et l’IBD, les conditions à éviter comprennent la turbidité empêchant de décrire les habitats, les crues ou assecs et les situations hydrologiques rendant leur prospection impossible ; une stabilité hydrologique minimale de 10 jours est demandée. Chaque prélèvement donne lieu à une fiche station avec localisation, date et heure, mesures in situ, conditions météorologiques et hydrologiques et observations utiles à l’interprétation. Aucune campagne ne peut être déclenchée sans l’accord préalable écrit de l’acheteur.

Les traitements s’appuient sur le SEEE et les rendus d’analyses au format XML EDILABO. Les résultats pesticides sont interprétés par station selon le nombre et la fréquence des molécules et leur part dans la concentration totale. La bactériologie est mise en perspective avec les références de qualité des eaux brutes et des eaux destinées à la consommation humaine. La qualité des eaux est retracée par paramètre et station, par bassin versant, sur la période 2011-2028, avec tableaux et graphiques.

Monitoring piscicole

Le volet piscicole prévoit des pêches d’inventaire sur 28 stations. Les interventions sont programmées à partir du 15 juin dans le secteur ouest et de la mi-juillet dans le secteur est ; le débit doit être stabilisé et une turbidité anormale empêchant la prospection conduit au report de la campagne. Le planning des pêches est communiqué au moins 15 jours à l’avance. Le prestataire recueille les données existantes et obtient les autorisations préfectorales de pêche ainsi que, le cas échéant, celles des détenteurs du droit de pêche. Les déplacements sans inventaire, notamment si les conditions météorologiques ou hydrologiques n’ont pas été vérifiées, restent à sa charge.

Les pêches suivent la norme XP T90-383 et comprennent au moins deux passages. Le stock est estimé par les formules de De Lury-Carle & Strub, avec biomasses à l’hectare et densités pour 1 000 m² par espèce et classe d’âge. La biométrie porte sur les espèces capturées par classes de 10 mm, avec sous-échantillonnage possible pour les espèces très denses ; les grands individus sont mesurés au millimètre. La description des stations comprend notamment longueur, largeur, lit mineur, lame d’eau, faciès d’écoulement et section mouillée. Des mesures particulières doivent limiter stress et mortalité, avec biométrie en parallèle de la pêche pour éviter une stabulation prolongée.

La scalimétrie en lecture directe porte sur 30 truites fario par station, sur 5 stations, en couvrant les classes de taille représentées ; le prestataire assure la lecture et justifie ses compétences pour ces prélèvements sensibles. Sur les secteurs concernés, 30 alevins sont prélevés par station et transmis à la FDPPMA 74 pour vérification du taux de marquage ; l’autorisation de pêche doit inclure une autorisation de destruction. L’analyse thermique des populations de truite fario s’appuie sur les données de thermie et l’outil MACMA SALMO.

L’interprétation comprend l’approche typologique de Verneaux, le calcul et l’actualisation du NTT, la comparaison avec les peuplements théoriques et les chroniques antérieures, l’analyse des populations d’intérêt patrimonial et le calcul de l’IPR/IPR+. Les résultats des prélèvements d’alevins sont mis en regard des inventaires. Les densités, biomasses et cohortes de truite commune sont analysées par station, comparées au standard départemental du PDPG de Haute-Savoie et rapprochées des données historiques et des autres réseaux de suivi.

Livrables et données

Le suivi qualité comprend les rapports d’essais et tableaux récapitulatifs au fil des campagnes, un rapport intermédiaire pour 2027 remis au début de 2028, puis un rapport final avec synthèse et interprétation des résultats, cartes par état, comparaison des données antérieures, points noirs identifiés, fiches stations et fiches SEEE. Le rapport final est remis en trois exemplaires papier. Le volet piscicole prévoit un rapport de terrain et un rapport final intégrant les données des autres réseaux, les comparaisons par station et sous-bassin versant et des propositions ou avis sur des mesures.

Les rendus comprennent des rapports PDF, des tableaux Excel, des données SIG et, pour les analyses qualité, des résultats conformes aux formats SANDRE et XML EDILABO. Les données piscicoles sont intégrées dans ASPE ; le certificat de bancarisation et le fichier annuel Excel demandé à l’Agence de l’Eau sont fournis. Les cartes et fichiers SIG sont remis avec les systèmes de projection et formats demandés, notamment RGF93/Lambert 93 (EPSG 2154), shapefile ou GeoPackage selon le volet concerné.