Séquençage haut débit d'ADN de hêtre

Prestations techniques incluses

• Contrôle qualité des ADN reçus (mesure de concentration par fluorométrie) et échange avec l'équipe en cas d'échantillons dégradés ou inhibés.
• Préparation des librairies short‑read (kit à préciser par le candidat) et informations à fournir sur la méthode de préparation.
• Séquençage Paired‑End 2×150 bp (ou équivalent) avec production cible minimale par échantillon : 66 millions de paires de lectures (~20 Gb).
• Démultiplexage et fourniture des données brutes démultiplexées au format FASTQ.
• Contrôle qualité des données produites et fourniture d'un rapport technique détaillé décrivant les étapes appliquées pour chaque échantillon (modèle de rapport exigé dans l'offre).
• Échanges informels à chaque étape (QC ADN, préparation des librairies, séquençage, démultiplexage) pour ajustements opérationnels.

Conditions opérationnelles et logistique

• Transport des échantillons sur carboglace en plaques 96 puits ; interdiction d'ouverture des colis et de reroutage pendant le transport.
• Le candidat indique l'adresse de réception des échantillons dans son offre.
• Fourniture d'un lien de téléchargement des données, maintenu actif au moins 6 mois après la fin du contrat (durée à préciser dans l'offre).
• Indication dans l'offre des modalités de remise des données, des critères de qualité des données, du délai entre réception et mise à disposition des données, de la durée de conservation des données et des échantillons, des mesures de confidentialité, et de la politique de gestion des déchets et du recyclage des consommables.

Critères d'acceptation des résultats et suivi

• Contrôles qualité des jeux de données et obligation de ré‑séquençage à la charge du titulaire si la quantité de données par échantillon est inférieure au seuil requis (sauf impossibilité liée à la mauvaise qualité initiale de l'échantillon).
• Facturation proportionnelle : en cas d'interruption du processus de séquençage d'un échantillon, facturation limitée aux étapes effectivement réalisées.

Livrables

• Fichiers FASTQ démultiplexés.
• Rapports techniques par échantillon (modèle fourni dans l'offre).
• Lien de téléchargement actif pendant la durée indiquée dans l'offre (minimum 6 mois).