Génotypage GWAS pour étude HER2
Fiche synthétique du marché public. Analyse détaillée et points essentiels du DCE.
Description des prestations techniques
Objectif principal
- Réaliser des analyses de génotypage de type GWAS sur échantillons fournis, avec fourniture des livrables analytiques et restitution des échantillons restants.
Échantillons et ADN
- Réception d'échantillons de sang total prélevés sur tubes EDTA et/ou d'aliquots d'ADN déjà extraits.
- ADN fourni : 2 µg minimum par échantillon ; volume d'ADN attendu 70–90 µl par échantillon ; elution en buffer MBL5 ; qualité OD260/280 entre 1,8 et 2,0 ; OD260/230 ≥ 1,5 ; concentration ≥ 10 ng/µl sur 50 µl.
- Stockage des ADN à -20 °C ; maintien de backups (sang) et existence d'aliquots (3 aliquots de 1,8 ml par patient pour l'ADN actuel).
Contrôle qualité et traçabilité
- Réception, identification et traçabilité complète des échantillons (pseudonymisation par code à 5 chiffres fourni dans le flux d'échantillons).
- Contrôles qualité des ADN à réception (contrôle de concentration et pureté) et enregistrement des accusés de réception.
- Gestion documentaire et traçabilité des flux et des résultats (archivage des fichiers, logs d'accès, registre des manipulations).
Méthode de génotypage et livrables
- Génotypage GWAS produisant une matrice SNP d'au moins 600 000 SNPs.
- Fourniture d'un rapport de génotypage synthétique et remise des données brutes selon format PLINK (fichiers bruts et tout format dérivé exigé).
- Description technique attendue du matériel, des kits et de la méthode utilisée ainsi que des moyens humains dédiés.
Transport, conservation et retours
- Acheminement aller-retour des échantillons entre l'expéditeur et le laboratoire en température dirigée à -20 °C ; les envois d'ADN s'effectuent à -20 °C.
- Organisation du conditionnement, preuves de conformité du transport et accusés de réception à joindre aux flux.
- Réexpédition des échantillons/aliquots restants au promoteur à -20 °C après analyses.
Organisation des campagnes
- Première cohorte (4 000 échantillons) envoyée en deux envois distincts ; envois ultérieurs en unités définies par bon de commande.
Exigences qualité et conformité
- Fourniture d'une synthèse de la politique qualité et de gestion des risques, attestations de certifications pertinentes et justification des compétences RGPD.
- Description attendue de l'organisation du stockage des résultats, de l'architecture logicielle utilisée et des mesures de sécurité et confidentialité.
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Critères d'évaluation
| Pondération | Critère |
|---|---|
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Échantillons
Modalités de livraison
Transport aller-retour en température dirigée à -20 °C. ADN fourni : ≥2 µg, volume 70–90 µl. Qualité exigée : OD260/280 1,8–2,0 ; OD260/230 ≥1,5 ; concentration ≥10 ng/µl sur 50 µl. Réception avec accusé et traçabilité (pseudonymisation par code 5 chiffres). Première cohorte envoyée en deux envois; réexpédition des échantillons restants au promoteur à -20 °C.
Produits à fournir
- Sang total (tubes EDTA) et ADN extrait (elution buffer MBL5)x4 000 (cohorte initiale) ; jusqu'à 8 000 analyses totales prévues
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