Étude des peuplements de diatomées des cours d’eau

L’étude porte sur 20 à 44 stations par campagne annuelle, sur des cours d’eau. Selon les bons de commande, le titulaire peut assurer le repérage et les prélèvements, puis la préparation des échantillons, leur détermination en laboratoire, le calcul des indices et l’interprétation des résultats. Le maître d’ouvrage peut réaliser tout ou partie des prélèvements ; ceux de la campagne 2026 ont été réalisés par lui.

Terrain et prélèvements

Lorsque le titulaire est chargé des opérations de terrain, il intervient selon la norme NF T90-354 d’avril 2026 ou sa version actualisée. Les prélèvements sont prévus de mai à octobre, en période d’étiage et de débit stabilisé : absence de précipitations fortes pendant au moins 10 à 15 jours, attente recommandée de quatre semaines après un épisode hydrologique intense, et pas de prélèvement en cas de turbidité anormale. Les dates d’intervention sont communiquées au maître d’ouvrage au moins 8 jours à l’avance.

Pour chaque station, le titulaire repère et délimite le site, relève notamment les dimensions du cours d’eau, la profondeur, le support, le recouvrement des macrophytes, l’ombrage et les coordonnées Lambert 93. Il réalise les prélèvements de diatomées et au moins deux photos numériques représentatives du site et du support prélevé. Les prélèvements sont fixés sur le terrain ; l’éthanol est à privilégier. Un bilan des opérations et les fiches de terrain sont remis au plus tard fin octobre de l’année N.

Avant le prélèvement, le titulaire observe et consigne les conditions de la station. Les paramètres comprennent la situation hydrologique, la limpidité, la météo, la visibilité du fond et la tendance du débit, ainsi que l’oxygène dissous (mg/l O₂), le taux de saturation en O₂ (%), la température de l’eau et de l’air (°C), le pH et la conductivité à 25 °C (µS/cm). Les mesures in situ sont réalisées avec des sondes spécifiques ; leur étalonnage est tracé et les sondes à oxygène sont vérifiées au moins une fois par jour avant le premier prélèvement.

Les interventions tiennent compte de la sécurité en rivière et du risque de propagation d’espèces invasives ou d’agents pathogènes. Les tournées sont organisées de préférence de l’amont vers l’aval au sein des trois entités hydrographiques définies ; l’isolation entre entités et la désinfection du matériel et des équipements de protection sont prévues selon le protocole proposé et arrêté avec le maître d’ouvrage.

Préparation et analyses

Les échantillons sont traités selon la norme et les recommandations méthodologiques en vigueur, en tenant compte des versions actualisées d’OMNIDIA, de sa base de données et de l’IPS. Au moins trois lames sont préparées par prélèvement. Elles doivent être reproductibles, lisibles pour une vérification par un tiers et conservables plusieurs années. Chaque lame comporte entre 400 et 420 individus ; l’archivage est organisé dans trois boîtes distinctes. Le titulaire conserve les piluliers et un exemplaire de chaque lame jusqu’à l’admission des résultats et pendant au moins deux ans après la fin du marché.

Le laboratoire identifie les diatomées au niveau spécifique ou infraspécifique et compte 400 à 420 valves. Les effectifs sont des dénombrements exacts, non des classes d’abondance ; les formes tératologiques sont signalées et leur pourcentage établi. La saisie sous OMNIDIA permet de produire les listes floristiques et de calculer l’IBD, l’IPS et les autres indices disponibles dans le logiciel. Les calculs d’IBD utilisent le fichier « echange_listes.txt » et le SEEE.

Interprétation et livrables

Les résultats annuels comprennent les listes floristiques, les indices et les fichiers d’échange SEEE, ainsi que les exports OMNIDIA (.prn et .xml). Sont également remis un tableau synthétique des résultats de campagne, les listes par prélèvement et des fiches d’interprétation par station. Les fichiers sont fournis dans les formats demandés, notamment Excel, PDF et Word modifiable.

Le rapport annuel analyse les indices, la composition et les taxons dominants, les dégradations observées, les formes tératologiques, les espèces invasives ou nouvellement arrivées et le profil des cinq taxons dominants. L’interprétation interannuelle, si elle est commandée et si l’historique est suffisant, porte sur les quatre derniers prélèvements disponibles, par station, cours d’eau et grands bassins versants ; elle peut ne pas être demandée certaines années.

Des investigations en microscopie électronique à balayage peuvent être commandées spécifiquement pour certains taxons difficiles à déterminer. Les photos numériques associées sont légendées et d’au moins 2 500 × 2 000 pixels pour impression en 300 dpi. Des planches photographiques des principaux taxons, notamment les espèces représentées, invasives, rares, patrimoniales ou déclassantes pour l’IBD, peuvent également faire l’objet d’un bon de commande spécifique.

Les échéances prévues comprennent le bilan de terrain au 30 octobre de l’année N, les listes floristiques et indices au 25 février de l’année N+1, puis le rapport final, les planches photographiques et les trois exemplaires des lames au 6 avril de l’année N+1.