Services de séquençage haut débit d’ARN dégradés

Contexte et objectifs de l’étude :

• L’étude vise à séquencer un large nombre d’échantillons issus de différentes pathologies en utilisant un protocole de microdissection mécanique sur tissus en paraffine. Les profils transcriptomiques seront utilisés pour entraîner et évaluer des modèles d’apprentissage profonds multimodaux et pour mieux comprendre la pathophysiologie des lésions étudiées.

Objet du marché :

• Le marché porte sur des services de séquençage d’ARN dégradés au profit de l’unité Inserm U1149.

Durée du marché :

• La durée est de 12 mois à compter de la notification, avec possibilité de reconduction tacite 3 fois, pour une durée totale maximale de 48 mois.

Contenu des prestations :

• Caractéristiques techniques : Profilage transcriptomique par RNAseq d'ARN issus de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE). Le séquençage doit être réalisé avec des librairies de type « SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian) » ou équivalentes, avec une profondeur de séquençage supérieure à 25 millions de fragments.
• Modalités de livraison : Les résultats doivent être transmis sous format dématérialisé, incluant les données FASTQ, un rapport de qualité pré-analytique et du séquençage.
• Délai d’exécution : 1 mois à partir de la réception des échantillons.
• Envoi des échantillons : Les échantillons seront envoyés en plusieurs lots sur une période de 4 ans, avec environ 300 échantillons par lot.

Obligations du titulaire :

• Le titulaire doit décrire les caractéristiques des services, justifier d'un système de traçabilité, respecter le RGPD, et démontrer une capacité à traiter plusieurs milliers d’échantillons par an. Il doit également optimiser la consommation électrique et limiter l'utilisation de produits polluants.