Prestations de séquençage haut débit U1085

Les prestations techniques demandées dans le cadre de cet appel d'offre incluent plusieurs types de séquençage sur une plateforme équivalente à la technologie NovaSeq 6000 (Illumina) :

1. Séquençage de librairies de scRNA-seq, snRNA-seq et multiome (scATAC-seq + scRNA-seq)

   • Prise en charge de librairies issues de technologies Chromium (10X Genomics) et Evercode (ParseBiosciences).
   • Capacité à traiter des librairies de single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq, et d'autres variantes avec multiplexage.
   • Vérification de la qualité et de la concentration des librairies.
   • Pré-séquençage pour ajuster la molarité des librairies.
   • Transmission des résultats dans un délai de 25 jours ouvrés, au format fastq, avec un rapport d'analyse.
   • Conservation des résultats pendant au moins 10 jours ouvrés.
   • Multiplexage des échantillons avec un minimum de 250 millions de fragments séquencés par échantillon, avec un score de qualité Q30.

2. Séquençage de librairies de spatial transcriptomics (Visium et Visium HD)

   • Prise en charge des librairies issues des technologies Visium et Visium HD (10X Genomics).
   • Vérification de la qualité des librairies par une puce Bioanalyzer High Sensitivity DNA.
   • Transmission des résultats dans un délai de 25 jours ouvrés, avec conservation des résultats pendant au moins 10 jours ouvrés.
   • Multiplexage des échantillons avec un minimum de 100 millions de fragments séquencés pour Visium et 1 milliard pour Visium HD.

3. Séquençage de librairies de 3’-BRB-seq

   • Prise en charge des librairies issues de la technologie BRB-seq.
   • Vérification de la qualité et de la concentration des librairies.
   • Transmission des résultats dans un délai de 25 jours ouvrés, avec conservation des résultats pendant au moins 10 jours ouvrés.
   • Multiplexage des échantillons avec un minimum de 250 millions de fragments séquencés, avec un score de qualité Q30.